Đoàn trường Đại học Khoa học Tự nhiên TP.HCM được thành lập từ tháng 6 năm 1996, trên cơ sở tách ra từ trường Đại học Tổng hợp. Ngay sau khi được thành lập, Đoàn trường Đại học Khoa học Tự nhiên TP.HCM đã nhanh chóng ổn định tổ chức và đi vào hoạt động.
- Tháng 6 năm 1997, Đại hội Đại biểu Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường ĐH KHTN lần thứ nhất, nhiệm kỳ 1997-1999 được tiến hành. Đại hội đã bầu 17 đồng chí vào BCH Đoàn trường.
- Tháng 6 năm 1999, Đại hội Đại biểu Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường ĐH KHTN lần thứ hai, nhiệm kỳ 1999-2002 đã bầu 21 đồng chí tham gia BCH Đoàn trường.
- Tháng 12 năm 2002, Đại hội Đại biểu Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường ĐH KHTN lần thứ ba, nhiệm kỳ 2002-2004 đã bầu 21 đồng chí tham gia BCH Đoàn trường.
- Tháng 12 năm 2004, Đại hội Đại biểu Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường ĐH KHTN lần thứ tư, nhiệm kỳ 2004-2007 đã bầu 21 đồng chí tham gia BCH Đoàn trường.
- Tháng 4 năm 2009, Đại hội Đại biểu Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường ĐH KHTN lần thứ năm, nhiệm kỳ 2007-2009 đã bầu 23 đồng chí tham gia BCH Đoàn trường.
Đoàn trường ĐH KHTN TP.HCM là Đoàn tương đương Quận-Huyện Đoàn, trực thuộc Thành Đoàn TP.HCM. Nhiệm kỳ của Đoàn trường là 5 năm 2 nhiệm kỳ.
Số liệu tổ chức hiện nay như sau (tính đến ngày 15/05/2009):
+ Tổng số sinh viên hệ chính quy (bao gồm cả ĐH và CĐ): 12.293
+ Tổng số Đoàn viên: 10.584
+ Sinh viên hệ HCĐH: 826
+ Số lượng Cán bộ trẻ từ 35 tuổi trở xuống: 408
+ Số lượng học sinh Phổ thông Năng khiếu: 825
+ Tổng số cơ sở Đoàn trực thuộc: 13 cơ sở Đoàn (Toán-Tin học, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Công nghệ Thông tin, Địa chất, Môi trường, Điện tử Viễn thông, Khoa học Vật liệu, Phổ thông Năng khiếu, Khối Cán bộ trẻ, Cao đẳng Tin học CK, Cao đẳng Tin học Dự bị Đại học).
+ Tổng số chi Đoàn: 134.
Đoàn trường hiện có 2 văn phòng: (1) cơ sở 227 Nguyễn Văn Cừ, Q.5 và (2) cơ sở Linh Trung – Thủ Đức.
| 
